מאחר ותכניות הלימודים בארצות השונות אינן זהות בדרך כלל לתכנית הלימודים באוניברסיטה העברית, קיים קושי בקבלה לשנה מתקדמת. מועמדים לשנים מתקדמות חייבים להכיר את תכנית הלימודים הנהוגה באוניברסיטה העברית באמצעות המידע הנגיש באתר האינטרנט. ברוב המקרים נדרשים המועמדים לעמוד בתנאי הקבלה של החוג. אם יעמדו בתנאי הקבלה, יוכלו לבקש זיכויים על הלימודים הקודמים ואלו יוכרו על פי שיקול הדעת של יועצי החוג.
קבלה ישירה לשנה מתקדמת תיתכן רק אם תכנית הלימודים של המועמד זהה בהיקף ובתוכן לתכנית הלימודים בחוג המבוקש ואף במקרה כזה, רוב החוגים דורשים ציון סף פסיכומטרי. מספר המקומות המתפנים מוגבל ויתקבלו המועמדים המתאימים ביותר לאחר דיון בועדת הקבלה של החוג. הדיון בבקשות נערך בדרך כלל סמוך לפתיחת שנת הלימודים. ההחלטות מתקבלות על בסיס גליון ציונים רשמי וסילבוס של כל הקורסים הרלבנטים.
לא ניתן להגיש מועמדות לשנים מתקדמות ברפואה, רפואת שיניים ומשפטים על סמך לימודים בחו"ל.
תואר בוגר האוניברסיטה העברית יינתן רק לתלמידים שלמדו באוניברסיטה העברית בהיקף של שליש לפחות מלימודי התואר, והלימודים יכללו את כל הסמינריונים שהתלמידים חייבים בהם.
אפיקי מעבר מהאוניברסיטה הפתוחה:
במספר חוגים קיימת אפשרות להתחיל את הלימודים לתואר ראשון במסגרת האוניברסיטה הפתוחה. לאחר השלמת מקבץ קורסים מסויים בציונים מתאימים ניתן יהיה לעבור ישירות לשנה ב' באוניברסיטה. רשימת החוגים ומקבצי הקורסים באתר האוניברסיטה הפתוחה.